Intégration de OrthoFinder
Mail de JG (20150810):
l'approche proposée dans l'article ci dessous me semble tout a fait pertinente pour améliorer les résultats
OrthoFinder: solving fundamental biases in whole genome comparisons dramatically improves orthogroup inference accuracy http://www.genomebiology.com/2015/16/1/157
comme orthomcl cela démarre aussi par un blast tout contre tout alors je me dis que si on rajoute un convertisseur qui converti le format de sortie de orthofinder au format orthomcl cela permettrait de pouvoir partager le blast et bénéficier de tout ce qui est en aval sans avoir a écrire beaucoup de code.
#!shell
blast ---> orthomcl -> orthomcl.out -> orthomcl-companion
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|--> orthofinder -> convertisseur