Commit 8d76f1fa authored by Ednomesor's avatar Ednomesor

MAJ Pres

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<br>
<small>Rosemonde LETRICOT</small><br>
<small>Doctorante en Histoire moderne - LARHRA UMR 5190 / Université Lyon 3</small><br>
<small>Ecole thématique GDR ARSHS - Nice - juillet 2017</small>
<small>Quantilille - 27 juin 2017</small>
</p>
<aside class="notes">
Oh hey, these are some notes. They'll be hidden in your presentation, but you can see them if you open the speaker notes window (hit 's' on your keyboard).
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<section>
<h3>Durant cette séance</h3>
<ul>
<li>Se familiariser avec R et Rstudio</li>
<li>Comprendre la philosophie de ces logiciels et apprendre à les manipuler</li>
<li>Produire une représentation de réseau avec la package 'igraph'</li>
<li>Voir quelques notions de vocabulaire et ce qu'implique une visualisation de réseau</li>
<li>Approche théorique des réseaux</li>
<li>Utiliser le package 'igraph'</li>
<li>Produire des visualisations réseaux</li>
<li>Manipuler différents types de réseaux (orienté, non orienté, valué, bipartite)</li>
<li>Obtenir des mesures</li>
<li>Appliquer des algorithmes (détection de communauté)</li>
</ul>
</section>
<!-- Parler du support de cours
......@@ -80,180 +82,59 @@
<!-- PRESENTATION DE R ET RSTUDIO -->
<section>
<section data-background="img/TMAB2003_InkPens[explored]_dark.jpg" data-background-transition="slide">
<h2>En voiture...</h2>
<img width="400" height="345" src="img/jump_car.gif">
<h2>Introduction</h2>
</section>
<section>
<img width="161" height="145" src="img/R_logo.jpeg">
<ul>
<li>un langage et un environnement de programmation, utilisé pour le traitement de données, dont l'utilisation tend à se démocratiser notamment en SHS...</li>
<li>...pourtant ce n'est pas un logiciel "clic bouton" -- rédiger d'un script qui va executer une série de traitements (comme une recette de cuisine)</li>
<li>Simplifier et rendre reproductible les manipulations de données (importer, modifier, traiter, visualiser, mesurer, calculer)</li>
</ul>
</section>
<section>
<img width="161" height="145" src="img/R_logo.jpeg">
<p>Dérivé du langage S, développé à l'origine pour le traitement statistique pour Machintosh, une première version stable est publiée en 2000</p>
<p> Noyau R, complété par des <i>packages</i> (extension)</p>
<p>Libre, multiplateforme, ouvert, gratuit, maintenu par une communauté d'utilisateurs</p>
</section>
<section data-background="img/Lyon_noircie.jpg" data-background-transition="slide">
<img width="251" height="95" src="img/Rstudio_logo.png">
<p>Une interface pour faciliter l'usage de R</p>
<p>Les +</p>
<ul>
<li>Tout sous les yeux avec un espace de travail divisé en 4 parties</li>
<li>Un principe d'autocomplétion pour les fonctions R et les objets créés dans son environnement</li>
<li>La possibilité de visualiser les résultats</li>
</ul>
<p>Les -</p>
<ul>
<li>Pas la possibilité de modifier les valeurs d'un objet à la main</li>
</ul>
<h3>La notion de réseau</h3>
</section>
</section>
<!-- METHODO-->
<section>
<section>
<h2>Premier contact avec R</h2>
</br>
<img width="450" height="300" src="img/arrival.gif">
</section>
<section>
<h3>L'interface de RStudio</h3>
<img width="700" height="600" src="img/Rstudio_pres.png">
</section>
<section>
<h3>Les <i>packages</i> R</h3>
<p>Ce sont des extensions qui viennent compléter les fonctionnalités du noyau R</p>
<p>On doit les installer, et les initialiser avant d'appeler les fonctionnalités spécifiques</p>
</section>
<section>
<h3>Trouver de l'aide</h3>
<p><a href="http://cran.r-project.org">CRAN</a> : rassemble toute la documentation de R</p>
</section>
<section>
<h3>Ouvrir un script existant</h3>
<!-- Image du processus ecrilecture -->
<img width="600" height="550" src="img/Rstudio_openfile.png">
</section>
<section>
<h3>Regardons le script du plus près</h3>
<ul>
<li>Code couleur</li>
<li>Commentaires</li>
</ul>
</br></br>
<p>Lançons le script avec le bouton RUN ou au clavier Ctrl + Entrer</p>
</section>
<section>
<h3>R me parle dans la Console</h3>
<img width="700" height="600" src="img/erreur_console.png">
</section>
<section>
<h3>Différence entre un script R et un projet R</h3>
<h2>Premières manipulations sous R</h2>
</section>
<section>
<h3>Quelques bonnes pratiques</h3>
<p>Utiliser le projet R</p>
<p>Avoir une arborescence de fichier où l'on s'y retrouve</p>
<p>Commenter son code</p>
<img width="161" height="145" src="img/R_logo.jpeg">
<p>Dérivé du langage S, développé à l'origine pour le traitement statistique pour Machintosh, une première version stable est publiée en 2000</p>
<p> Noyau R, complété par des <i>packages</i> (extension)</p>
<p>Libre, multiplateforme, ouvert, gratuit, maintenu par une communauté d'utilisateurs</p>
</section>
<section>
<h3>Script R = recette de cuisine</h3>
<p>Il me faut des ingrédients -> mes données...</p>
<ul>
<li>que je vais mettre dans des contenants ()</li>
<li>pour pouvoir les travaillers avec des ustensiles (fonctions)</li>
<li>pour arriver à un résultat comestible</li>
</ul>
<p></p>
<img width="200" height="350" src="img/maite.jpg">
<h3>A partir d'un réseau généré en interne</h3>
</section>
<section>
<h3>Assigner des variables</h3>
<pre>
<code>
x<- 3
x = 3
3 -> x
</code>
</pre>
<p>tant qu'on ne l'assigne pas, la valeur de la variable ne change pas</p>
<h3>A partir d'un jeu de données extérieur</h3>
</section>
<section>
<h3>Testons directement avec des données de réseau</h3>
</br>
<img width="450" height="350" src="img/www_network.jpg">
<h3>Exercice</h3>
</section>
</section>
<!-- RESULTATS et DISCUSSIONS-->
<!-- MESURES-->
<section>
<section>
<h2>Etape 1 : Préparation des ingrédients</h2>
</section>
<section>
<h3>Mais au fait, c'est quoi un réseau ?</h3>
<p>Du nom latin <i>rete</i> : filet, toile, piège</p>
<p>Une structure faite de <b>sommets</b> (noeuds) reliés par des <b>arêtes</b> (liens)</p>
</br>
<img width="380" height="330" src="img/img_reseau.png">
</section>
<section>
<h3>Constituer des données de réseau</h3>
<ul>
<li>un fichier avec des informations sur les <b>noeuds</b></li>
<li>un fichier avec les caractéristiques des <b>liens</b></li>
</ul>
<h2>Mesures</h2>
</section>
<section>
<h3>Mettre mes données réseau dans des contenants dans R</h3>
<p>Dans R, on va utiliser ce qu'on appelle un <i>dataframe</i></p>
<p></p>
<img width="380" height="330" src="img/fire.gif">
<h3>Mesures locales</h3>
</section>
<section>
<h3>Lieux les plus cités</h3>
<!-- Chart -->
<img width="600" height="500" src="img/chart_Lieux.jpg">
<h3>Mesures globales</h3>
</section>
<section>
<h3>Lieux selon la thématique abordée</h3>
<!-- Chart -->
<img width="400" height="300" src="img/chart_topics.jpg">
<h3>Cliques, sous-graphes</h3>
</section>
<section>
<h3>Lieux cités dans les paragraphes relatifs aux célébrations publiques</h3>
<!-- Plan -->
<img src="img/celebration_publiques.jpeg">
<h3>Exercice</h3>
</section>
<section>
<h3>Lieux cités dans les paragraphes relatifs aux services religieux</h3>
<!-- Plan -->
<img src="img/service_religieux.jpeg">
</section>
<section>
<h3>L'auteur et son intérêt pour le développement urbain</h3>
<!-- Remettre le Plan Urbanisme -->
<img src="img/Urbanisme.jpeg">
</section>
<section>
<h2>Mais aussi</h2>
</section>
<section>
<ul>
<li>Partager et mettre à disposition les données collectées</li>
<li>Bénéficier d'une modélisation de l'information commune</li>
<li>Permettre des passerelles "numériques" et parler un langage commun (TEI, Symogih)</li>
</ul>
<br></br>
<p>Contribuer à la science ouverte voire aux communs de la recherche</p>
<h3>Détection de communautés</h3>
</section>
</section>
<section>
<section>
<img width="600" height="500" src="img/symogih.png">
<h3>Graphes bipartites</h3>
</section>
</section>
<!-- CONCLUSION -->
<section data-background="img/Bridges_Question.jpg" data-background-transition="slide">
</section>
......
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