Commit a474a8e4 authored by Guillaume's avatar Guillaume

partie-3 : modifications selon les commentaires de M-Ln

parent c99a733d
......@@ -3,7 +3,10 @@
Les résultats de calorimétrie et de SAXS suggèrent que les 46 résidus
supplémentaires en N-terminal dans la construction Myb-long sont engagés au
moins en partie dans l'interaction avec l'ADN. Ces résultats sont en accord avec
ceux de l'expérience d'empreinte de nos collaborateurs. Nous n'avons pas encore
pu les confirmer à l'échelle moléculaire avec la structure cristallographique du
complexe Myb-long/ADN, qui est encore en cours d'affinement à ce jour.
ceux de l'expérience d'empreinte de nos collaborateurs.
L'analyse cristallographique du complexe Myb-long/ADN est en cours et révèle que
la région N-terminale est au moins partiellement désordonnée dans le cristal.
Nous observons des pics positifs dans la carte de densité électronique, mais ils
sont essentiellement en discontinuité du domaine Myb et leur modélisation
est difficile.
......@@ -44,39 +44,40 @@ qu'il est en pratique impossible de purifier parfaitement une protéine.
La formule précédente donne des fractions actives de 99,2 % et 84 % pour
Myb-court et Myb-long, respectivement.
Les affinités de Myb-court et Myb-long pour l'ADN sont du même ordre de
grandeur, dans la gamme micromolaire basse. Cependant la comparaison des
paramètres thermodynamiques ΔG (variation d'enthalpie libre), ΔH (variation
d'enthalpie) et ΔS (variation d'entropie) renseigne sur le mode de liaison.
ΔG est négatif pour une interaction favorable, il est directement lié à la
constante d'équilibre de dissociation par la relation ΔG = -RT ln K~D~ (R =
L'affinité de Myb-long pour l'ADN est environ 5 fois moins bonne que celle de
Myb-court, mais est tout de même forte car dans la gamme micromolaire basse.
La comparaison des paramètres thermodynamiques ΔG (variation d'enthalpie libre),
ΔH (variation d'enthalpie) et ΔS (variation d'entropie) renseigne sur le mode de
liaison. ΔG est négatif pour une interaction favorable, il est directement lié
à la constante d'équilibre de dissociation par la relation ΔG = -RT ln K~D~ (R =
1,987 cal.K^-1^.mol^-1^ est la constante des gaz parfaits, T est la température
de l'expérience en K). D'autre part, ΔH et ΔS contribuent à ΔG selon la relation
ΔG = ΔH - TΔS. Ainsi, une variation d'enthalpie libre favorable à l'interaction
(donc négative) nécessite une contribution enthalpique (ΔH) négative et une
contribution entropique (ΔS) positive. Les valeurs des paramètres ΔG, ΔH et -TΔS
des deux interactions étudiées sont représentées graphiquement dans la figure
suivante :
ΔG = ΔH - TΔS. Ainsi, une variation d'enthalpie libre (ΔG) favorable
à l'interaction (donc négative) nécessite une contribution enthalpique (ΔH)
négative et une contribution entropique (ΔS) positive. Les valeurs des
paramètres ΔG, ΔH et -TΔS des deux interactions étudiées sont représentées
graphiquement dans la figure suivante :
![Figure : Comparaison des contributions enthalpique et entropique dans les interactions Myb-court/ADN et Myb-long/ADN.](partie-3/figures/parametres-thermo-mybs.png)
La contribution enthalpique (ΔH) est principalement due aux liaisons hydrogène
établies et rompues au cours de l'interaction (une valeur négative de ΔH indique
que des liaisons ont été établies). Nous observons que la contribution
enthalpique est plus favorable pour Myb-long que pour Myb-court (d'un facteur
environ 1,5), ce qui signifie que Myb-long établit plus de liaisons hydrogène
avec l'ADN. Cette observation est en accord avec les résultats de l'expérience
d'empreinte de nos collaborateurs.
établies et rompues au cours de l'interaction [@leavitt2001] : une valeur
négative de ΔH indique que des liaisons ont été établies. Nous observons que la
contribution enthalpique est plus favorable pour Myb-long que pour Myb-court
(d'un facteur environ 1,5), ce qui signifie que Myb-long établit plus de
liaisons hydrogène avec l'ADN. Cette observation est en accord avec les
résultats de l'expérience d'empreinte de nos collaborateurs.
La contribution entropique (ΔS) représente les changements de solvatation et de
conformation. Notamment, ΔS est négatif (la contribution à ΔG est donc
défavorable) lorsqu'une partie de la chaîne protéique perd des degrés de liberté
conformationnelle au cours de l'interaction. La contribution entropique est
défavorable pour Myb-long, comparé à Myb-court. Nous pouvons en déduire que la
portion de *linker* (résidus 400 à 445) adopte probablement une conformation
plus contrainte dans le complexe avec l'ADN, comparée à celle qu'elle adopte dans
la forme libre de la protéine. Ceci est également en accord avec l'hypothèse de
l'implication de cette région de TRF2 dans l'interaction avec l'ADN.
conformation [@leavitt2001]. Notamment, ΔS est négatif (la contribution à ΔG est
donc défavorable) lorsqu'une partie de la chaîne protéique perd des degrés de
liberté conformationnelle au cours de l'interaction. La contribution entropique
est défavorable pour Myb-long, comparée à celle de Myb-court. Nous pouvons en
déduire que la portion de *linker* (résidus 400 à 445) adopte probablement une
conformation plus contrainte dans le complexe avec l'ADN, comparée à celle
qu'elle adopte dans la forme libre de la protéine. Ceci est également en accord
avec l'hypothèse de nos collaborateurs sur l'implication de cette région de TRF2
dans l'interaction avec l'ADN.
Il résulte de ces différentes contributions enthalpique et entropique que la
variation d'enthalpie libre de l'interaction Myb-long/ADN est presque égale
......
......@@ -1428,6 +1428,22 @@ The {RecQ} family of {DNA} helicases including {WRN} {(Werner} syndrome protein)
pages = {3682--3695}
},
@article{leavitt2001,
title = {Direct measurement of protein binding energetics by isothermal titration calorimetry},
volume = {11},
issn = {{0959-440X}},
url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X00002487},
doi = {10.1016/S0959-440X(00)00248-7},
abstract = {Of all the techniques that are currently available to measure binding, isothermal titration calorimetry is the only one capable of measuring not only the magnitude of the binding affinity but also the magnitude of the two thermodynamic terms that define the binding affinity: the enthalpy {($\Delta$H)} and entropy {($\Delta$S)} changes. Recent advances in instrumentation have facilitated the development of experimental designs that permit the direct measurement of arbitrarily high binding affinities, the coupling of binding to protonation/deprotonation processes and the analysis of binding thermodynamics in terms of structural parameters. Because isothermal titration calorimetry has the capability to measure different energetic contributions to the binding affinity, it provides a unique bridge between computational and experimental analysis. As such, it is increasingly becoming an essential tool in molecular design.},
number = {5},
journal = {Current Opinion in Structural Biology},
author = {Leavitt, Stephanie and Freire, Ernesto},
month = sep,
year = {2001},
keywords = {citation-these, {ITC}, Thermodynamics},
pages = {560--566}
}
@article{lebihan2013,
title = {Effect of Rap1 binding on {DNA} distortion and potassium permanganate hypersensitivity},
volume = {69},
......
Markdown is supported
0% or
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment